近期，华东师范大学生态与环境科学学院赵磊青年研究员团队与国际合作者在生态学顶级期刊《分子生态资源》（Molecular Ecology Resources）发表了题为“Revisiting the Briggs Ancient DNA Damage Model: A Fast Maximum Likelihood Method to Estimate Post-Mortem Damage”的研究成果。该研究搭建了适用于现代测序技术的古DNA损伤新模型，并开发了集成评估古DNA样本损伤程度与过滤现代DNA污染的生物信息学工具ngsBriggs。
古DNA是研究古代种群演化和古生态系统变化的重要材料。然而，其短读长、高错误率、严重的死后损伤及易受现代污染的特性，对研究结论的准确性提出了挑战。准确鉴定古DNA的来源及排除现代污染，是确保研究结果可靠的关键。
现有生信工具的模型通常难以完全适配现代高通量测序技术，且处理效率低下。赵磊研究员团队与丹麦哥本哈根大学的Ramus Amund Henriksen博士等国际合作者共同开发的ngsBriggs工具(图1是ngsBriggs的工作流程图)，显著提升了古DNA样本的处理效率。该工具基于适配现代测序技术的新模型，可多线程高效处理样本，为研究人员提供了一种准确、实用的解决方案，有助于批量验证和推断古环境DNA样本的分类组成。
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图1. ngsBriggs工作流程图：模块一，评估古DNA样本损伤程度；模块二，过滤样本现代DNA污染 |
赵磊青年研究员和丹麦哥本哈根大学Ramus Amund Henriksen博士论文的共同第一作者为，通讯作者为赵磊青年研究员和哥本哈根大学Thorfinn Sand Korneliussen副教授，其他合作者包括丹麦哥本哈根大学Abigail博士和美国加州大学伯克利分校Rasmus Nielsen教授。本研究得到了丹麦嘉士伯基金会(CF19-0712和CF20-0071)及伦德贝克基金会疾病演化中心(R302-2018-2155)的资助。
附：
论文链接：https://doi.org/10.1111/1755-0998.14029
