生态与环境科学学院成立于2014年，其前身环境科学系创办于1986年，是在环境科学研究所（创建于1978年）的基础上组建而成。学院拥有2个一级学科博士点（生态学、环境科学与工程），2个博士后流动站（生态学、环境科学与工程），3个本科专业（生态学、环境科学、环境生态工程）均入选国家级一流本科专业建设点。学科发展效果显著，其中生态学科是国家重点学科、上海市重点学科，先后入选首轮和第二轮世界一流学科建设行列，生态学、环境科学与工程均入选上海市高峰学科（IV类），环境与生态学进入ESI全球排名前0.12%。学院建设有浙江天童森林生态系统国家野外科学观测研究站、上海市城市化生态过程与生态恢复重点实验室、上海有机固废生物转化工程技术研究中心三个重点研究基地，共建自然资源部大都市区生态空间修复工程技术创新中心、上海城市困难立地绿化工程技术研究中心、长江口三角洲河口湿地生态系统教育部/上海市野外科学观测研究站、普陀山森林生态系统定位观测研究站、上海市城市植物资源开发应用工程技术研究中心。经过30多年的建设，学院形成了以学科相融合为特色的生态—环境—工程学科群。

学院秉持“卓越育人、生态文明、绿色发展”使命，以立德树人为根本，积极推进课程思政改革，通过课程教学、社会实践、价值引领等方式，创新人才培养模式，培养了一大批生态环境领域的高层次复合型人才。